Una nueva alumna ha llegado a clase de Conan: se llama Ai Haibara y parece estar muy interesada en él. En cuanto se queda a solas con Conan le revela su auténtica identidad: ella es, en realidad, Cherry, la científica que inventó la medicina que convirtió a Shinichi Kudo en Conan Edogawa. Al parecer, Cherry abandonó la organización de los Hombres de Negro cuando éstos mataron a su hermana. Cuando también intentaron acabar con ella, Cherry tuvo que tomarse la misma medicina que Shinichi para poder escapar. Después acudió en busca de ayuda al profesor Agase, que le dio un nuevo nombre y la apuntó a la escuela de Conan. Aunque Shinichi culpa a Cherry/Ai de su tragedia, está dispuestoa ayudarla a buscar el disquete donde se encuentra toda la información relativa a la medicina y que es, por ahora, la única posiblidad de recuperar su cuerpo. Sin embargo, cuando llegan a casa del hombre que tenía el disquete descubren que acaba de ser asesinado. ¿Estarán los Hombres de Negro sobre la pista de Conan Edogawa?