Cuando la policía encuentra dos esqueletos unidos en un abrazo en un río de Manhattan, Margo Green, conservadora del Museo de Historia Natural, es invitada a colaborar en la investigación, no solo por sus conocimientos antropológicos sino por su experiencia el año anterior cuando se enfrentó con una horrenda bestia que andaba suelta por los sótanos del museo. Los esqueletos presentan señales de violencia y unas grotescas anormalidades que apuntan a una sola cosa: el despertar de una pesadilla dormida. Al misterio de los esqueletos se suma una serie de brutales crímenes. Con la ayuda de un teniente de policía, un enigmático agente del FBI y un eminente científico, Margo indaga el origen de los asesinatos. La investigación los llevará a un pavoroso laberinto de túneles, cloacas y galerías horadado bajo Manhattan, donde se revela por fin el verdadero secreto de la Bestia del Museo.