Segle XIV. La ciutat de Barcelona és en el seu moment de màxima prosperitat; ha crescut cap a la Ribera, l'humil barri dels pescadors, on els seus habitants decideixen construir, amb els diners d'uns i l'esforç d'uns altres, el temple marià més gran que hom ha conegut: Santa Maria de la Mar. Una construcció que és paral·lela a l'atzarosa història d'Arnau, fill d'un serf de la terra que fuig dels abusos d'un senyor feudal i es refugia a Barcelona, on es converteix en ciutadà i, gràcies a això, en un home lliure.
El jove Arnau treballa com a palafrener, bastaix, soldat i canvista. Una vida extenuant, sempre a l'empar de l'església de la Mar, que el portarà de la misèria del fugitiu a la noblesa i la riquesa.
Però en aquesta posició privilegiada també li arriba l'enveja d'altres ciutadans que ordeixen una sòrdida conjura que posa la seva vida en mans de la Inquisició...
L'església del mar és una trama en la qual s'encreuen lleialtat i venjança, traïció i amor, guerra i pesta, en un món marcat per la intolerància religiosa, l'ambició material i la segregació social.