Londres, 1887: un extraño robo desconcierta a los inspectores de Scotland Yard. Tras un minucioso inventario, descubren que lo único que falta es un pequeño trozo de grafito con una serpiente tallada. El inspector jefe decide pedir ayuda al mejor investigador privado que conoce: Sherlock Holmes.
Londres, 2007: Tim es un niño solitario, audaz, inteligente y con grandes dotes para el dibujo. Un atardecer observa que un jet comienza a caer. Dentro del avión un brillante científico especialista en biología molecular intenta escapar de Nictus Boyle, líder de una malvada organización secreta que lo mantiene secuestrado para que descubra el código de un lápiz capaz de hacer viajar en el tiempo.
Tim va al lugar del accidente. Cuando está a punto de irse, algo rueda hasta sus pies: es un pequeño trozo de grafito con una serpiente tallada. Más tarde, a solas en su habitación, Tim dibuja con él una imagen del Big Ben. Cuando está a punto de acabarla cae presa de un sueño profundo. Sin saberlo, Tim ha utilizado un lápiz mágico y ha viajado en el tiempo. Despierta en 1887, en el Big Ben, donde un investigador llamado Sherlock Holmes intenta resolver el extraño robo de un pequeño pero valioso objeto hallado en su día en la tumba de un faraón.