En el verano de 1804, Francisco de Faria, un joven cadete, llega a Madrid para servir como guardia de corps. Napoleón Bonaparte acaba de ser nombrado emperador de los franceses y Francia e Inglaterra libran una guerra por la supremacía mundial mientras en España corren años de decadencia. La flota combinada hispanofrancesa que dirige el almirante Villeneuve se enfrenta con la inglesa de Nelson el 21 de octubre de 1805, a unas millas al sur del cabo de Trafalgar. De la suerte de la batalla depende la hegemonía naval universal y el futuro de Europa. Tras la batalla, la corte española es un hervidero de intrigas y corrupciones, y Napoleón, ebrio de poder y de gloria por sus victorias militares en Europa, decide incorporar España a su imperio e invade la Península con un poderoso ejército. Inmerso en semejante vorágine de acontecimientos, el joven Francisco de Faria observa impotente cómo la época que le toca vivir condiciona su porpia vida.
Trafalgar conjuga en una misma novela la lucha de las grandes potencias por la supremacía mundial, el agónico final de la España imperial y el comienzo de una larga época de sangrientos conflictos civiles.