Francisco J. Ayala ha sido nombrado Doctor Honoris Causa por veinticuatro universidades de diez países diferentes. En 2001 recibió la Medalla Nacional de las Ciencias de Estados Unidos y en 2010 fue galardonado con el Templeton Prize que otorga anualmente la Fundación John Templeton a aquellas personalidades que contribuyen a la investigación y a descubrimientos de realidades espirituales.

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